Para la planificación de cuencas es necesario contar con información sobre la disponibilidad de agua, entiende esta como el volumen total de agua ya precipitada en una cuenca que puede ser utilizada para riego, generación de energía eléctrica, abastecimiento de agua potable, etc, para lo cual en la gestión 2017 se elaboró el Balance Hídricos, que es un análisis del agua que ingresa al sistema y la que salen del mismo, en un intervalo de tiempo determinado.
Para la generación de balances hídricos, los datos climáticos e hidrométricos existentes constituyeron la base de datos para alimentar los algoritmos de cálculo. En este caso, durante las etapas iniciales del procesamiento de datos, se lograron identificar retos como la escasez de datos en algunas regiones, la necesidad de filtrar los mismos para poder contar con información confiable, el procesamiento requerido para aquellos que se evaluaron como válidos, y la inclusión de los criterios de decisión para relleno y completado de series de tiempo identificadas como válidas y confiables. La base de datos para el período de tiempo de 36 años de 1980-2016 fue facilitada por el SENAMHI. Además, debido a la existencia de cuencas compartidas con otros países, fue necesario obtener datos de Perú, Brasil, Chile, Argentina y Paraguay a través de sitios WEB y convenios del SENAMHI con los servicios meteorológicos extranjeros. De esta forma, se logró completar una base de datos para obtener el balance hídrico en todas las cuencas internas al país y también en aquellas compartidas con los países limítrofes.